2001年(民國90年)
增設牧靈室,提供「全人」教育。
2001年(民國90年)
12月榮獲內政部「身心障礙福利機構」第五次評鑑優等獎。
2002年(民國91年)
接受市政府委託辦理「台南市身心障礙者個案管理服務」(至2007年止)。
2002年(民國91年)
為因應運作之實際需要,建立教學統整機制,設教學督導。
2002年(民國91年)
為提供多元化服務,落實復健治療功能,設復健輔具資源室。
2002年(民國91年)
基於提昇身心障礙者生活品質之宗旨,維護身心障礙者尊嚴之信念,設立「學生權益委員會」,並於2003年5月召開 第一次會議。
2003年(民國92年)
1月啟能組轉型,設定不同服務類別,如生活技能、職前、庇護性工作,短期與長期服務;依學生障礙程度及工作潛能分別安置於最合適的服務類別。
2003年(民國92年)
9月學齡組轉型,提供經教育局鑑輔會安置之不適宜一般學校特教班,重度、極重度身心障礙學生之服務。
2003年(民國92年)
12月13日慶祝成立二十九週年,舉辦行政教學大樓新教室及電梯啟用典禮。
2004年(民國93年)
7月文宣組改設公關室。
2004年(民國93年)
10月21日董事會推選林吉男主教為瑞復益智中心第三任董事長。
2004年(民國93年)
11月14日假台南市立文化中心與「十鼓擊樂團」舉辦「飛躍三十‧步步踏實– 慶祝瑞復30週年」慶祝活動。
2005年(民國94年)
承辦勞工局委辦「台南市身心障礙者職業輔導評量中心」。安南分部動土。榮獲內政部第六次「台閩地區身心障礙者社會福利機構評鑑」優等。
2006年(民國95年)
6月底中止台南市政府委託辦理「西門國小附設幼稚園特幼班」服務。
9月附設光明早期療育中心立案。
2008年(民國97年)
2月5日「瑞復安南分部」正式通過內政部勘查及提供0歲發展遲緩暨身心障礙幼童早期療育服務,採時段式服務與日間托育式服務。
2008年(民國97年)
榮獲內政部第七次「台閩地區身心障礙者社會福利機構評鑑」優等。
2008年(民國97年)
11月29日舉辦安南分部落成典禮暨三十四週年慶。
2009年(民國98年)
12月26日假台南市文化中心舉辦三十五週年慶-『瑞復35.生命飛舞』「感恩.惜福晚會暨反犯罪宣導」。
2010年(民國99年)
1月李雪瑛女士接掌中心主任。
2010年(民國99年)
3月學前組新增早療時段療育服務。